Begrafenis van een keerkring (poëzie, 1953)
Anathema's (essays, 1969)
De aaibaarheidsfactor (verzamelde artikelen, 1969)
Het avondrood der magiërs (verzamelde artikelen, 1970)
Een kuil om snikkend in te vallen (verzamelde artikelen, 1971)
Ethologie en cultuurfilosofie (Huizinga-lezing, 1973)
Gedicht (poëzie, 1977)
Een passage naar Indië (essay, 1978)
De waanzin aan de macht (essays, 1979)
Vincent en het geheim van zijn vaders lichaam (roman, 1981)
Lof van de poef (verzamelde artikelen, 1981)
Verbeeldingskracht en wetenschap (essay, 1984)
Het rijk van Jabeer (getransformeerde sprookjes, 1984)
Het meer der herinnering (essays, 1984)
De logologische ruimte (opstellen over taal, 1984)
Hondse verhalen (verhalen, 1986)
Een zuivere schim in een vervuilde schepping: over het werk van Konstantinos Kavafis (essay, 1987)
Nederland: een bewoond gordijn (essay, 1987) (Boekenweekessay 1987)
De onmogelijke liefde (verzamelde artikelen, 1988)
Morgen spelen wij verder (essays, 1989)
De archeologie van de auto (essays, 1989)
Essays over filosofie (essays, 1990)
Einsteins poppenhuis (essays, 1990)
Dierbare verhalen uit de wereldliteratuur (essays, 1991)
Het Oostindisch kampsyndroom (essays, 1992)
De vrolijke wanhoop (autobiografische essays, 1993)
Varkensliedjes (poëzie, 1993)
Terug naar Negri Pan Erkoms (verzamelde artikelen, 1995)
Het gemaskerde woord (essays, 1995)
Hoger honing (essays, 1997)
Verloren goeling (briefwisseling, 1998)
De mooiste dierenverhalen (verhalen, 1999)
De kikvors en de ooievaar (reisverhalen, 2003)
Opgespoorde wonderen. Fotosynthese (literaire non-fictie, 2003)
Dierentalen. Veertien jaar gedichten uit NRC Handelsblad (poëzie, 2003)
Verborgen verwantschappen. Fotosynthese (literaire non-fictie, 2005)
De archeologie van de auto (Tweede, vermeerderde druk, 2007)
Het raadsel der herkenning. Fotosynthese 3 (literaire non-fictie, 2007)
Medereizigers (literaire non-fictie, 2009)
Machines en emoties - Een briefwisseling (Willem Frederik Hermans, Rudy Kousbroek, Ethel Portenoy) (bezorgd door Willem Otterspeer) (2009, uitgegeven door De Bezige Bij)
Restjes. Anathema's 9. (essays, 2010)